Kết quả giải mã gene chưa phát hiện biến chủng Omicron tại TP.HCM

Ngày 1.12, tin từ Sở Y tế TP.HCM cho biết, Đơn vị Nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford (OUCRU) và Bệnh viện Bệnh nhiệt đới đã tiến hành giám sát chủ động các biến chủng của SARS-CoV-2 từ đầu mùa dịch đến nay. Hiện nay, các đơn vị tập trung giám sát biến chủng Omicron.

TP.HCM chưa phát hiện biến chủng Omicron

Những biến chủng nào có mặt tại TP.HCM năm 2021

Theo Sở Y tế TP.HCM, từ cuối năm 2020 đến nay, nhiều biến chủng quan ngại (VOC) bao gồm Alpha, Beta, Gamma và Delta của SARS-CoV-2 được phát hiện trên thế giới, gây ra nhiều thách thức cho chương trình phòng chống đại dịch Covid-19 toàn cầu.

Đặc điểm chung của các VOC là mang các đột biến, đặc biệt là trên protein gai (Spike protein), cho phép vi rút có khả năng lây nhanh hơn, giảm tác dụng của vắc xin, thậm chí có độc lực cao hơn.

Trong số này phải kể đến biến chủng Delta được phát hiện lần đầu tiên vào cuối năm 2020 ở Ấn Độ, nay đã lây lan toàn cầu và đang gây ra làn sóng Covid-19 hiện hữu ở khắp châu Âu và các nước trên thế giới, kể cả các nước có độ che phủ vắc xin cao như ở Anh và Mỹ.

Tại Việt Nam, những ngày cuối tháng 1.2021, ổ dịch ở Hải Dương với số ca lây lan nhanh nhưng nguồn lây chưa rõ, biến chủng gây dịch chưa xác định được đã gây ra nhiều quan ngại lớn cho ngành y tế trong cả nước. Bệnh viện Bệnh nhiệt đới và OUCRU đã cùng phối hợp với Trung tâm kiểm soát bệnh tật (HCDC) giải mã nhanh bộ gene ca bệnh (BN1660) đi từ ổ dịch Hải Dương vào TPHCM ngày 28.1.2021. Kết quả xác định nam thanh niên nhiễm “biến chủng Anh” (tên khoa học là B.1.1.7 – hiện nay là Alpha). Sau đó, Bộ Y tế cũng xác nhận ổ dịch từ Hải Dương do biến chủng Anh, đánh dấu lần đầu tiên biến chủng này du nhập vào Việt Nam và gây dịch trong cộng đồng.

Trước tình hình hình nguy cơ bùng phát dịch trên địa bàn thành phố ngay dịp cận Tết, Sở Y tế TP.HCM đã chỉ đạo HCDC tiến hành lấy mẫu xét nghiệm sàng lọc chủ động SAR-CoV-2 nhóm đối tượng nguy cơ cao tại các bến xe, sân bay… và phát hiện chùm ca bệnh ở nhóm bốc xếp ở sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất. Kết quả giải mã nhanh bộ gene cho thấy nhóm bốc xếp nhiễm biến chủng Ruwanda A23.1 khác với biến chủng đang gây dịch ở Hải Dương. Việc xác định nhanh biến chủng ở hai nhóm đối tượng nói trên đã giúp TP.HCM định hình tốt hơn bức tranh dịch tễ Covid-19 trên địa bàn; qua đó tập trung truy vết nhóm đối tượng liên quan, nhanh chóng khống chế không cho dịch bệnh lây lan trên địa bàn TPHCM.

Đợt dịch Covid-19 bùng phát từ tuần thứ 3 tháng 5.2021 đến nay trên địa bàn TP.HCM được đánh dấu bằng sự xuất hiện của các chùm ca bệnh không rõ nguồn lây do hai biến chủng Delta (chùm ca bệnh liên quan chung cư Sunview Town, TP.Thủ Đức), chủng Alpha (bánh canh O Thanh, Q.3).

Tiếp theo là chùm ca bệnh liên quan đến Điểm nhóm truyền giáo Phục Hưng xảy ra vào những ngày cuối tháng 5.2021 do chủng Delta gây ra. Bệnh viện Bệnh nhiệt đới và OUCRU đã tiến hành giải mã nhanh xác định biến chủng gây SARS-CoV-2 từ các ca bệnh mới trên trong vòng 24 giờ đồng hồ sau khi ca bệnh được ghi nhận.

Những tháng tiếp theo tình hình dịch bệnh ngày một “leo thang” với số ca bệnh ghi nhận mỗi ngày trên 10.000 ca ở những tháng cao điểm như tháng 7 và tháng 8. Điều này gây nên nhiều thách thức cho ngành y tế của TPHCM và cả nước, từ công tác dập dịch cho đến thu dung điều trị và không kém phần quan trọng là theo dõi sự xuất hiện của biến chủng mới nơi tâm dịch của cả nước.

Bệnh viện Bệnh nhiệt đới và OUCRU đã chủ động giám sát biến chủng SARS-CoV-2 bằng việc giải mã gene SARS-CoV-2 trên diện rộng từ các mẫu bệnh phẩm được chẩn đoán dương tính bằng RT-PCR ghi nhận trên tất cả các quận huyện của thành phố.

Tính từ tháng 5.2021 – 11.2021, có 408 bộ gene của SARS-CoV-2 đã được giải mã từ 23 quận, huyện và TP.Thủ Đức. Các phân tích về di truyền cho thấy biến chủng gây dịch thuộc biến chủng Delta. Đây cũng là biến chủng được phát hiện từ các ca bệnh liên quan chung cư Sunview Town và chùm ca bệnh của Điểm nhóm truyền giáo Phục Hưng hồi tháng 5.2021.

Cho đến nay, kết quả giải mã các chủng vi rút tại TP.HCM chưa ghi nhận sự hiện diện của biến chủng Omicron.

Tiếp tục giám sát, giải mã gene

Theo Sở Y tế TP.HCM, việc giám sát phát hiện các biến chủng SARS-CoV-2 hiện nay là công cụ quan trọng không thể thiếu trong công cuộc chống đại dịch Covid-19 toàn cầu. Bệnh viện Bệnh nhiệt đới và OUCRU phối hợp với HCDC tiếp tục giám sát và giải mã nhanh các biến chủng lưu hành trên địa bàn, đặc biệt kịp thời phát hiện sự xuất hiện của các biến chủng quan ngại như biến chủng Omicron từ các ca bệnh trên địa bàn thành phố.

Bên cạnh đó, Sở Y tế TP.HCM đang xây dựng kế hoạch nâng cao năng lực giám sát sự lưu hành các chủng vi rút gây bệnh (trong đó có biến chủng Omicron) của HCDC, tổ chức đào tạo nguồn nhân lực đủ năng lực giải mã gen để sẵn sàng ứng phó với những thách thức tiềm tàng của dịch bệnh Covid-19 cũng như của các bệnh nhiễm trùng mới nổi trong tương lai.